Transkriptomanalyse av Porphyromonas gingivalis ved bruk av mikromatriser og RNA-sekvensering

Et genom er en organismes komplette sett av arvestoff (DNA). Det siste tiåret har genomanalyse av bakterier gitt verdifull informasjon for forståelsen av bakteriers evne til å utløse sykdom. Syntese av RNA med DNA som templat kalles transkripsjon og er nødvendig for produksjon av proteiner. Transkriptomet representerer genom-ekspresjonen i en organisme og inkluderer både proteinkodende mRNA samt ikke-kodende RNA (eks. rRNA, tRNA, sRNA). Transkriptomanalyse innebærer katalogisering av RNA, kartlegging av funksjonelle genstrukturer og kvantifisering av transkripsjonsnivå.

I dette prosjektet har vi brukt mikromatriser og RNA-sekvensering (high-throughput sequencing) for å kartlegge transkriptomet til den orale bakterien Porphyromonas gingivalis. Denne anaerobe bakterien kan være en viktig årsak til periodontitt.

På bakgrunn av transkriptomprofiler generert fra P. gingivalis dyrket i tre forskjellige medier har vi identifisert ulike transkripsjonsmønstre, og flere nye transkript er oppdaget. Vi har også studert kvantitative forskjeller i genuttrykk. På basis av funnene som er gjort, og informasjonen som er tilgjengelig i transkriptomprofilene, kan ny forskning initieres for å bedre forståelsen av sykdomsfremkallende mekanismer i P. gingivalis. Arbeidet har også involvert bruk og utvikling av bioinformatiske teknikker for mikromatrisedesign samt for normalisering, analyse og visualisering av data og resultater.

Personalia

Hedda Høvik disputerte 1. desember 2011 ved Det odontologiske fakultet, Universitetet i Oslo, med avhandlingen «Strand-specific transcriptome profiles of Porphyromonas gingivalis detected by genomic tiling microarray and RNA sequencing». Prosjektet er utført ved The Forsyth Institutue, Boston og Institutt for oral biologi, Universitetet i Oslo, under veiledning av Tsute Chen og professor Ingar Olsen.